アニマルシェルターにおける動物の流れは、受け入れ→検疫室→収容室→譲渡室の順になります。
搬入口 シェルターの表玄関とは別に、飼い主または発見者から動物を受け入れるための搬入口が必要です。受け入れには事務手続きが必要ですので、搬入者が事務室で手続きしたのちに、搬入口から動物が搬入されます。夜間や休日にも受け入れを行う場合、搬入口に受付窓口や動物の一時保管場所を併設する必要があります。
検疫室 受け入れた動物は一定期間隔離して、健康状態を観察します。健康状態に問題があれば、医務室で応急処置を行うか、動物病院で診察を受けます。検疫室とは別に行動観察室を設ける場合もあります。
一時収容室 健康チェックが終わり、ワクチン接種や駆虫が終わった動物は、譲渡適性の判定や馴らしのために一時収容されます。まだ譲渡対象として確定していないので、ここの動物は未公開です。また公示期間中の動物もここに収容されます。特に犬の場合は騒音が問題になりますので、防音対策も重要です。
譲渡室 譲渡対象として確定した動物のための部屋です。来場者が自由に動物を見ることができるように設計されています。動物と触れ合えるスペースを設けることもあります。
なお、猫は犬の存在自体がストレスになりますので、各室は犬と猫に分けることが必要です。また、各室は耐水構造とし、清掃に必要なだけの給水栓を設けます。その他の付帯設備として、飼料倉庫付きの調餌室、資材倉庫、浴室などが必要です。動物の処置や臨床検査のための医務室や犬のしつけを行う訓練室なども必要です。
もちろん、動物の受け入れや譲渡の手続きなどを行ったり、職員が事務作業をしたりする事務室も必要です。事務室とは別の「相談室」を設けることが理想的です。また、譲渡希望者を対象にした「譲渡講習会」や、職員やボランティアの研修を行う研修室も必要です。ボランティアを受け入れるのであれば、その控室も必要です。
殺処分施設として作られた日本の古い動物愛護管理センターにおいては、殺処分までの間の一時保管を目的に、4～5区画に分けられたやたら広い犬房が設置されています。その日が来ると、犬たちは自動的にガス室に誘導されるしくみになっています。ガス室が開店休業状態の今となっては、成犬用の優雅な（？）収容室と化しています。また子犬や猫の収容室は別に設けられています。一般的に古い設計のセンターは、検疫室と収容室を分けておらず（明らかに病気や負傷の動物については、専用の隔離室が設けられています）、譲渡適性ありと判定されたら、来場者から見ることができる譲渡室に移されます。
