一定規模以上の民営アニマルシェルターは「第二種動物取扱業」の届出が必要で、その施設基準については「第二種動物取扱業者が遵守すべき動物の管理の方法等の細目」（平成25年４月25日環境省告示第47号）で定められています。届出の必要がない小規模シェルターや公営シェルターも、「細目」に準ずる対応が求められます。
必要な設備 飼養施設には、下に示す設備が必要です。
飼養施設や附属設備は、動物の適正な取扱いのために必要な構造及び規模であることが求められます。飼養施設の床、内壁、天井及び附属設備は、清掃が容易である等衛生状態の維持及び管理がしやすい構造とするよう努めることとされています。飼養施設は、飼養又は保管をする動物の種類、習性、運動能力、数等に応じて、その逸走を防止することができる構造及び強度とし、動物の飼養又は保管に係る作業の実施に必要な空間を確保していることが求められます。もちろん、飼養施設は適切な構造や規模でなければなりません。
ケージ等 ケージ等の構造には、以下のことが求められます。
・底面は、ふん尿等が漏えいしない構造であること。
・側面及び天井は、常時、通気が確保され、かつ、ケージ等の内部を外部から見通すことができる構造であること。（特殊な事情がある場合を除く）
・衝撃による転倒を防止するための措置が講じられていること。
・動物によって容易に損壊されない構造及び強度であること。
・個々の動物が自然な姿勢で立ち上がる、横たわる、羽ばたく等の日常的な動作を容易に行うための十分な広さ及び空間を有するものとすること。また、飼養期間が長期間にわたる場合にあっては、必要に応じて、走る、登る、泳ぐ、飛ぶ等の運動ができるように、より一層の広さ及び空間を有するものとすること。（特殊な事情がある場合を除く）
・突起物、穴、くぼみ、斜面等によって、動物が傷害等を受けるおそれがないような安全な構造及び材質とすること。
・床、内壁、天井及び附属設備は、清掃が容易である等衛生状態の維持及び管理がしやすい構造及び材質とするよう努めること。
・動物の種類、習性、運動能力、数等に応じて、動物の逸走を防止できる構造及び強度とすること。
またケージ等には、給餌及び給水のための器具、ふん尿の受け皿又は床敷き、必要に応じて施錠設備を備えることとされ、動物の生態及び習性並びに飼養期間に応じて、遊具、止まり木、砂場及び水浴び、休息等ができる設備を備えるよう努めることとされています。