アニマルシェルターには、病歴や免疫状態が不明の動物が多数収容されます。たとえ見た目が健康な動物であっても、病原体を保有しているかもしれません。またシェルターへの収容そのものがストレスとなり、動物の免疫状態が低下します。そのため、シェルターは感染症が起こるリスクが極めて高い場所です。シェルターには、日常からの体系的な感染症対策が求められます。シェルターにおける感染症対策は、次の3つのアプローチで実施します。
免疫力の低下防止
ストレスは動物の免疫力を低下させ、感染症のリスクを高めます。適切な収容数を維持し、積極的なエンリッチメントにより動物のストレスを軽減することがまず求められますが、その他、適切な給餌（決まった餌を必要量与える）、適切な疼痛ケアなどが必要です。また、耐性菌の発生を防ぐため、抗生物質をむやみに使わないことも重要です。
予防医療対策
受け入れ時の予防接種や駆虫などの予防医療対策は、シェルターが動物の病気に抵抗する能力を積極的に向上させるための重要なツールです。動物種により必要とされる「コアワクチン」については、受け入れるすべての動物（妊娠している動物や軽度の病気の動物を含む）に直ちに接種ことが理想です。同様に、受け入れ時および定期的な駆虫も必要です。プロバイオティクスや栄養補助食品の投与など、抵抗力を高める他の手段も有効といわれています。
病原体への暴露防止
感染症が広がるには、＜感染源＞＜宿主＞＜感染経路＞の3つが必要です。このどこかを断ち切るのが感染症予防の原則ですが、シェルターにおいて＜感染源＞＜宿主＞を制御することは不可能ではないにしても困難です。つまり、感染経路を断つことがシェルターにおける感染症予防の要になります。シェルターで発生しうる、5つの感染経路を示します。
接触感染はその字のとおり、直接接触することで感染します。無生物を介して感染するのが媒介物感染で、主に不十分な手洗いによって発生します。飛沫感染は、病原体を含んだ飛沫が空気中を短距離移動することにより起こります。また飛沫は環境に着地し、間接的な感染を引き起こす可能性があります。空気感染は、病原体を含んだ微細な粒子が空気中を漂うことにより起こります。ベクター感染とは、昆虫やダニなどの生物によって病原体が媒介されることです。
具体的には手洗いの励行、受け入れ時の健康診断、感染が疑われる動物の隔離などが必要です。施設や物品の使用後の洗浄消毒も重要ですが、特に動物に頻繁に触れる物品については使い捨てが理想的です。また人の動きの制御（清掃したり、外来者を案内したりする際に、感染しやすい動物からそうではない動物の順に速やかに移動する）もよい方法です。
他の方法と組み合わせれば、個人用保護具（PPE）の使用も有効です。シェルターでは、使い捨て手袋、使い捨てまたは定期的に洗濯されたガウン、および専用靴または靴カバーの使用を奨励する必要があります。