動物の輸送についての規定は、ほとんど変わらず「基準省令」に引き継がれていますが、犬猫の輸送の際に、到着後2日間の健康観察が義務付けられました。
輸送設備
・輸送設備（動物の輸送に係る設備をいう。以下同じ。）は、確実に固定すること等により衝撃による転倒を防止すること。
・輸送設備は、定期的な清掃及び消毒の実施により、清潔を保つこと。
・必要に応じて空調設備を備えること等により、動物の生理、生態等に適した温度、明るさ、換気、湿度等が確保されるよう努めること。ただし、動物の健康及び安全を守るための特別な事情がある場合は、この限りでない。
輸送中の動物の管理
・動物の種類、数、発育状況及び健康状態に応じ、餌の種類を選択し、適切な量及び回数により給餌及び給水を行うこと。ただし、動物の健康及び安全を守るための特別な事情がある場合は、この限りでない。
※自動車による輸送の場合は、輸送時間にもよりますが、乗り物酔いによる嘔吐防止のため、出発2時間前からの絶食や場合によっては酔い止めの投与が推奨されます。
・動物の疲労又は苦痛を軽減するために、輸送時間はできる限り短くするとともに、輸送中は、必要に応じて休息又は運動のための時間を確保すること。
・衛生管理、事故及び逸走の防止並びに周辺の生活環境の保全に必要な措置を講じること。
輸送後の動物の管理
・譲渡業者及び貸出業者にあっては、その飼養施設に輸送された犬又は猫については、輸送後２日間以上その状態（下痢、おう吐、四肢の麻痺等外形上明らかなものに限る。）を目視によって観察すること。
※健康観察は受け入れ先に課されます。
※「2日間」とは48時間を目安とするもので、暦日で判断するものではありません。例えば23時59分から翌日までをもって「2日間」とはみなせません。
※観察は届出を行った飼養施設で実施する必要があります。飼養施設として登録されていない輸送設備（車両等）での観察は不可です。
※この規定は、同一団体が運営する異なるシェルター間の輸送にも適用されます。
※観察中に健康上の問題が認められた場合、「動物が疾病にかかり、又は傷害を負った場合には、速やかに必要な処置を行うとともに、必要に応じて獣医師による診療を受けさせること。」の規定が適用されます。